由于网络食药品违法犯罪具有更广的地域性、更强的扩散性、更强的隐蔽性、更大的欺骗性，以及法律法规尚不健全、刑事司法证据标准较高等原因，导致此类违法犯罪发现难、取证难、打击难，影响了行政机关和司法机关对此类犯罪的查办力度和打击效果。在刑事司法实践中，主要有以下几个突出问题值得研究。

　　(一)关于主观明知问题。判断行为人是否具有主观明知，除在客观事实的基础上,结合行为人的认知能力、从业经历等综合因素予以判断外，还要充分考虑食药品安全的公知性，因为国家对食药品的生产、经营均实行严格的审批和许可制度,对于行为人主观上认知的程度不一定需要达到确切的程度就可认定，司法机关是否可以结合价格、来源、资格、行为方式等直接予以推定。

　　(二)关于犯罪数额问题。应当将经营金额和货物数量共同作为认定犯罪数额的参考标准，在犯罪形态上也可以参照毒品犯罪的标准，只要以销售为目的的，一概认定为既遂，同时还充分考虑货物的数量，避免对犯罪数额认定上的不统一和各种分歧。

　　(三)关于案件管辖问题。将被害人所在地作为网络食药品犯罪行为发生地，有助于从源头上打击和惩处各种食药品违法犯罪行为，与此相关联的犯罪行为也可以一并纳入管辖范围，才能从根本上铲除和遏制食药品犯罪行为的蔓延。

　　(四)关于鉴定问题。由于食品、药品的专业性特征，对假劣药、有毒有害食品以及不符合食品安全标准的食品的认定具有相当的专业性和技术性，往往需要专业的检验鉴定机构出具意见。虽然司法解释明确了检验报告的证据效力，但司法实践中，在检验机构的选择、检验标准的明确、检验范围的划定等方面均没有具体操作规范，并非所有的检验报告都能达到预期的证明效果，需要进一步规范。