对于转基因技术，崔永元表达了自己的立场，即科学家当然应该做相关研究，必须要做，而且一定做到国际领先。在他看来，转基因技术的研究对食品，对环境都有可能有改善，而且他相信有可能做到这点。

　　在他看来，转基因问题是一个系统性的问题，包括转基因技术的研究、应用以及后期的产业化，他认为必须所有的环节都做好，才能保证转基因的完整性。现在作为反对转基因的人士的他围绕后面的应用以及产业化环节提出质疑，而应答者却往往从第一个环节进行回复，即认为他反对转基因技术，其实事实不是如此。

　　“当双方找不到一个平台，又都很激动，在两个赛道上进行赛跑，不会有结果。”崔永元用这句话来描述既有的争论，不过，他认为中国转基因技术的发展不会因为这个受影响。在崔永元看来，转基因之所以走到今天这个乱局，很大程度上在于相关部门的公信力没有得到体现。而他对转基因的反对也是反对违规乱种等方面。如果国家层面出台了监管措施，加强监管，会是很好的一番景象。

　　另外，在科普上，要重新告诉老百姓真正转基因的是什么。但是在中国不是所有科学家对科普感兴趣。他觉得科普科学家都能做，但他们没有耐心，没有动力，动力就是对科学的热爱，想别人都懂科学。我们的科学家没有动力，也没有能力。科普是非常难的。他不是研究者之间的对话，这是特别容易，专家和普通的公众对话，一般人胜任不了，胜任了的话叫大家。

　　在崔永元看来，一个记者媒体人对科学的了解，和一个做生命科学的人对个体传播方式的了解，都是非常浅薄的。他说喜欢的其实是拍电影。因此他希望科学家能够与公众有更好的交流。

　　日本厚生省用的非常有趣。你可以在网站上查到有多少种转基因，你可以预约去他们的实验室，可以到他们那去看，第三个更棒，网站上有个窗口是投票的，如果是上新的商品的话，看民意，如果投票反对，即终止。

　　要赢得公众的信任，解开套子，特别简单，就是农业部真正管起来。他们重视的话，自己就会信任。他们要负起责任来。第二件事，至少他们都要讲道理。转基因技术是双刃剑，有可能考研到科学家的道德和良心，因此必须要监管起来。如果这些科学家承认前面操作中出现的问题，面对的问题，应该很快就可以解决。

　　科学家当然应该做研究，必须要做，而且一定做到国际领先。我觉得对食品，对环境都有可能有改善，没有问题，科学不是放之四海而皆准的真理。没有争议，科学不发展就永远没有进步。