外源蛋白质检测法快速且具有一定的灵敏度，也能进行半定量，尤其是试纸条法，不需要特殊的仪器设备，适用于现场检验或初筛。但外源蛋白质检测法有三方面的局限性：(1)由于抗原抗体反应的专一性，每种转基因产品都要开发和建立专门的检测试剂和方法，而转基因产品种类繁多，要建立所有转基因产品的蛋白质检测法工作量很大；(2)对于加工过的转基因食品，其蛋白质很容易被破坏，从而影响检测结果的准确行；(3)有些插入基因还具有表达部位特异性，这些金银的表达并不像DNA那样存在转基因作物的任何部位，甚至有的转基因产品的插入基因根本不表达或表达量很低。这些都会影响检测结果。

　　外源DNA的检测

　　目前对于外源基因的检测主要是通过对转入的外源基因进行PCR扩增，然后进行紫外或荧光检测。PCR技术全称“聚合酶链反应技术”，是一种在体外由引物引导的DNA聚合酶催化的聚合反应，能在短时间内准确地将目的序列大量复制。在转基因食品检测方面，主要是用于从DNA即基因水平来鉴定被测食品。由于它的快速、灵敏、费用低、检测仅需微量的DNA并且可以同时检测多个样品，正成为这一领域日趋成熟的方法之一。定性PCR转基因食品重组DNA的基本机构包括启动子、目的基因、终止子和标记基因。由于目的基因种类繁多，所以先用转基因食品最常用的转录启动子CaMV35S、转录终止子NOS及抗生素抗体基因NPTII三个序列来设计引物进行PCR反应，对结果阳性者可再检测目的基因。定量PCRPCR反应具有高度特异性和敏感性，但对实验技术的要求很高，其结果易受许多因素的干扰而产生误差，一般PCR只用作转基因食品的定性筛选检测。针对所存在的问题，研究人员在实验设计中引入内部参照反应，以消除检测时的干扰，并与已知含量的序列GMO标准样的PCR结果进行比较，从而可以半定量地检测待测样品的GMO含量。PCR-ELISA这是一种将PCR的高效性与ELISA高特异性结合在一起的检测方法，它利用地高辛或生物素等标记引物，将PCR扩增产物与固相板上特异的探针结合，再加入抗地高辛或生物素的酶标抗体-辣根过氧化物酶结合物，最后使底物显色，在酶标仪上读取数值。利用PCR-ELISA法对转基因大豆检测，灵敏度比欧盟推荐的PCR方法高5倍~10倍。它快速方便，避免了有毒物质EB的使用，适合大批量自动检测。