日本消费者普遍拒绝转基因食品。为了满足零售商的需要，日本的大多数食品企业都要求采用非转基因食品原料，而将转基因生物原料排除在市场之外。日本的多数食品加工企业努力确保使用非转基因材料，并且通过转基因成分检测证实自己的产品无意混入的转基因成分含量低于规定域值，只有这样才能将自己的产品标识为“非转基因” 。

    转基因成分的定量检测主要有两种方法，一是利用PCR方法检测外源DNA序列，另一个是利用酶联免疫法（ELISA）检测外源蛋白质的数量。日本国立食品研究所对多数转基因大豆和玉米种子及其加工食品都建立了定性PCR检测方法。其中包括转基因大豆、玉米、油菜、马铃薯、木瓜和棉花的结构基因、启动子、终止子的检测。该研究所还建立了多重PCR方法，用以区分转基因玉米的5个不同转化事件（抗虫MON810，Event176和Bt11，耐除草剂T25和GA21）。利用该方法可以在一个反应管内定性检测出五个玉米转化事件的Ze1及外源基因DNA，检测极限达0.5％。该研究所还研制了StarLink玉米（品系名： CBH351）的定性PCR检测方法（StarLink玉米在日本尚未批准，但是美国进口的玉米中发现）。通过日本国立食品研究所与日本国立卫生科学研究所以及私人企业一起，共同开发出转基因食品的实时荧光定量PCR检测方法，设计和开发了转基因大豆和5个转基因玉米品系的标准阳性质粒分子。标准阳性质粒分子含有DNA通用序列（如35S启动子、NOS终止子）和每个品系导入外源片段的特异性序列。利用这种质粒分子作为标准物质可以代替种子材料对转基因大豆和玉米进行检测分析。该方法在日本、韩国和美国的15个检测实验室进行了验证，现已被日本农林水产省和日本厚生省采用为标准分析方法。