日本对于转基因食品的监管倾向于基于生产过程的管理[20] 。与美国和欧盟的鲜明态度相比,日本则采取了一种较为折衷的态度。

    安全性审查制度：通过制定法律、法规和发布相关公告、准则，日本形成了转基因食品安全性审查制度。在日本，申请者向食品保健部监视安全科提出申请，再由药事、食品卫生审议会根据安全性审查准则及最新科学知识进行审议，审议结果由官方报纸公布于众。

    区别性生产流通管理制度：是一种农产品或原材料管理体系，该体系允许分批处理农产品或将一种农产品与其它农产品进行分离。日本明确规定必须对非转基因原料的生产及流通进行分离管理。

    上市审批制度：日本政府规定，转基因农作物的开发首先要在封闭环境中展开，其次，实验室开发出来的转基因作物必须在田间种植和上市流通之前，对其环境安全性、食品安全性和饲料安全性进行认证，方可进行田间种植和制成食品。

    产品标识制度：日本《转基因食品标识法》对已经通过日本转基因安全性认证的大豆、玉米、马铃薯、油菜籽、棉籽5种农产品及以这些指定农产品为主要原料，加工后仍然残留重组DNA或由其编码的蛋白质食品，制定了具体标识方法，并对无需标识的加工食品以及不得出现在食品标签上的用语进行了规定。