欧盟国家对转基因食品的管理比较严格，对安全问题非常重视。但欧盟过于严格的管理也可说影响了转基因食品的发展，而且，欧盟各个国家在管理、法律方面存在分歧，许多国家没有按欧盟有关转基因食品管理体系来运行。

    转基因食品要想在欧盟上市销售，要经过成员国和欧盟两个层次的批准。生产者或进口商如果有意将含有转基因成分的食品投放市场，那么就应该向拟首次将食品投放市场的那个欧盟成员国的主管机构提出申请，由接受申请的该国主管机构对其进行初步的风险评估。这种转基因食品达到了该成员国所规定的要求，该成员国就可以通过欧盟委员会告知其他的成员国，当其他成员国没有异议之后，该种转基因食品就可以在欧盟境内上市销售。如果其他成员国提出反对该种转基因食品上市销售的意见，欧盟“食品科学委员会”会应欧盟委员会的要求对转基因食品进行审查。

    为了确保消费者的知情权和选择权，便于投放市场的转基因食品在各个阶段均能被追溯，欧盟对转基因食品实行强制标签制度。

    为了能够在确定转基因食品对人类健康或自然环境存在无法预测的危险时，有能力撤回已经上市的转基因食品，欧盟创设了转基因食品追踪制度。简单来说就是从生产到流通全过程追踪食品的能力。

基因改造食品在欧盟禁止冠上“有机”（organic）名称。