现在工商、质监部门取消垂直管理，还有一个旨在“加强食品安全监管”的实际原因，就是2009年2月《食品安全法》出台后，地方政府需要对本地区的食品安全负总责，工商、质监部门继续实行垂直管理，使得地方政府与工商、质监部门之间权力不清、责任不明，不利于食品安全工作的监管与协调。食品安全监管涉及卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监管等多个行政部门，如果工商、质监两个部门继续实行垂直管理，也不利于两部门与卫生、农业、食品药品监管等部门加强沟通、密切配合、各司其职、各负其责。

　　从行政管理和行政执法的角度讲，除海关、税务等少数部门以行使中央层面(或省级)职能及其延伸职能为主，确需由中央(或省级)垂直管理外，大多数行政部门的职能主要属于地方事务的范畴，在中央和地方的权责关系渐趋明确的稳定框架下，大多数部门都是不应实行垂直管理的，他们在履行职能中遇到的问题和困难，不能指望由中央(或省级)垂直管理来解决，而应当寻求在地方内部治理结构中得到解决。

　　以权力的来源划分，地方治理主要有两种模式，一种模式的权力主要来源于上级和外部，称为“外源型治理”；另一种模式的权力主要来源于基层和内部，称为“内生型治理”。一个地方的食品安全监管，直接与当地百姓的健康和生命息息相关，负责食品安全监管的地方政府有关职能部门，他们的权力如果来自上级和外部，未必能够产生多大的责任压力。反之，如果职能部门的权力来自地方内部和基层，由地方政府和百姓给他们的工作打分，他们就可望产生更大的责任压力，在食品安全监管上更加尽心尽力。工商、质监部门实行垂直管理，是一种权力由上而下运行的“外源型治理”模式，体现了传统的管制思路；现在两部门由垂直管理改为地方管理，采取权力水平运行的“内生型治理”模式，体现了现代的“善治”思路。

　　当然，取消垂直监管之后，人们难免担心，工商、质监工作如何克服地方保护主义的干扰？当前及今后一段时间，上级部门需要加强对地方工商、质监工作的指导和监管，政府、社会各方面也要形成治理合力，严防地方保护主义趁机反弹。从长远看，要克服地方保护主义对工商、质监工作的干扰，不能谋求重回垂直管理的老路，而只能在完善“内生型治理”上做文章，通过地方权力部门之间的协调制衡，以及公众权利对政府权力的监督制约，从内部破除某些权势部门和权势人物对食品违法犯罪行为的“保护”。从根本上讲，需要实行更广泛的地方民主选举和基层自治，强化人大监督“一府两院”的权力和司法机关的权威，巩固舆论监督和群众监督的权利本位。 　　只有这样，才能促使工商、质监等政府职能部门严格依法履职，促使地方政府更多地对食品安全等地方事务负责，对当地百姓的权益和福祉负责，真正做到“有权必有责，用权受监督，违法必追究”，实现“法治政府、服务政府、责任政府”的目标。