食用色素有化学合成色素和天然色素两大类别。由于化学合成色素的安全性存在隐患，天然色素格外受到人们的重视。虽然大多数天然色素主要是从植物中抽提生产，但由于气候、产地及运输等种种原因限制，发展不够迅速。而由微生物生产的色素既无气候和产地的影响，又能随时随地大量生产，因而有后来居上之势。目前用微生物发酵生产色素的研究广泛开展，不少产品大有希望成功。其中红曲色素和β-胡萝卜素都已工业化发酵进行生产。

    红曲色素因色泽鲜红、着色性好、热稳定性强、安全性高而被广泛用于腐乳、蛋糕、鱼、肉、饮料和配制酒等的着色。红曲色素是由红曲霉属菌种发酵生产的细胞外色素。用于生产色素的代表性菌株有紫红曲霉、安卡红曲霉和巴克红曲霉等。在生产实践上，主要通过固体发酵生产红曲米，然后再从红曲米中提取红曲色素。但近年来也已采用液体深层发酵法生产红曲色素。